Вологодский государственный музей-заповедник является научно-исследовательским и научно-просветительским учреждением, государственным хранилищем художественных, историко-архитектурных, литературных и других памятников материальной и духовной культуры, а также природы. Объектами музейного показа являются более 40 памятников архитектуры общей площадью более 9000 кв. м. Ежегодно музей посещают около 200 тысяч человек; строится более 40 экспозиций и выставок по различной тематике; проходят международные и всероссийские научные конференции, практические семинары по различным направлениям музейной деятельности.

На базе экспозиций и выставок музея-заповедника и его филиалов проводятся более 80 экскурсий различной тематики; действуют 10 экскурсионных маршрутов — пешеходных и автобусных.

В последние годы деятельность ВГМЗ вышла за рамки областного музея и приобрела характер регионального музейно-методического, культурно-исторического центра. Научный коллектив ВГМЗ оказывает практическую помощь музеям в создании новых и совершенствовании имеющихся экспозиций.