Научная библиотека
Краеведческая библиотека — одно из старейших подразделений музея. Основу библиотечного фонда составили книги четырех вологодских музеев, объединенных в 1923 году в единое государственное учреждение. На основании приказа Министерства культуры РСФСР № 45 от 6 апреля 1979 года раритетная литература была передана в сектор письменных источников музея. В библиотеке около 40000 изданий по истории, природе, культуре и искусству. Значительная часть материала связана Вологодским краем. Библиотека включает подборку периодических изданий Вологодской губернии (Вологодские губернские ведомости, Вологодские епархиальные ведомости, памятные книжки). Библиотека доступна не только научному коллективу Вологодского государственного музея-заповедника, она может принять исследователей из других учреждений науки и культуры, общественных и религиозных организаций, студентов. Им может временно предоставляться право безвозмездного пользования библиотекой по специальному разрешению администрации музея (это преподаватели, аспиранты и студенты-дипломники вологодских ВУЗов, сотрудники музеев, центров традиционной народной культуры и другие).


Реставрационные мастерские
История реставрации движимых памятников в музее Вологды ведет свой отсчет с самого начала 1920-х: это первые попытки и раскрытия памятников древнерусской живописи сотрудниками Музея иконописи и церковной старины, а затем и объединенного музея. С 1 августа 1926 года до 1931 года ведутся постоянные реставрационные работы командированным Центральными Реставрационными Мастерскими художником-реставратором А.И. Брягиным. Специально оборудованной реставрационной мастерской тогда не было, и работы производились в здании Экономского корпуса Вологодского кремля, а с наступлением холодов в одной из комнат фондохранилища.

Отсутствие финансирования заставило прервать эту деятельность на долгих 9 лет. Возможность возобновить реставрационные работы в музее и вновь пригласить А.И. Брягина появилась лишь в конце 1939 года, накануне грядущей Великой Отечественной войны. Реставрационные работы в военные годы не прекращались, более того, в конце 1943 года у А.И. Брягина появился ученик и преемник — Н.И. Федышин, проработавший в музее до 1999 года и взрастивший достойную смену. До середины 1980-х реставрационная мастерская музея специализировалась исключительно на станковой темперной живописи, с коллекцией икон работали три реставратора из династии Федышиных. В 1980-х – 1990-х годах музей расширяет сферу реставрационной деятельности, включая в нее реставрацию текстиля и масляной живописи, а с наступлением нового тысячелетия — мебель и деревянную полихромную скульптуру.

В настоящее время в музее работают два художника-реставратора темперной живописи I категории, реставратор по текстилю I категории, реставратор масляной живописи II категории и два неаттестованных реставратора, осваивающих новые для мастерской музея направления. Музейных реставраторов отличает трепетное отношение к памятникам и стремление обеспечить дальнейшую жизнь и сохранность предмета, внося в его структуру минимальное количество новых синтетических материалов, т. е. для консервации произведений; по возможности используются традиционные клея, уже присутствующие в структуре памятников. Ежегодно проходят полный реставрационный цикл в музейной мастерской 6–8 памятников музейного собрания, консервационные работы от 30 до 50 единиц хранения. На базе музея проходят стажировки художников-реставраторов других организаций страны и дальнего зарубежья, а также практика студентов учебных заведений, готовящих реставраторов.


Таксидермическая мастерская
Изготовление таксидермических скульптур для экспозиций, выставок, фондов музея согласно планов выставочной деятельности. Большинство экспонатов зоологической коллекции музея, насчитывающей сегодня 1603 предмета основного фонда и около 1000 экспонатов научно-вспомогательного, изготовлены силами сотрудников таксидермической мастерской музея. Чучельщик–препаратор появился в штате музея в 1924 году, а в 1928 году при естественно-историческом отделе музея уже имелась специальная чучельно-препаровочная мастерская, выполнявшая работы по набивке чучел и монтировке биологических групп. Она изготавливала в среднем 18 чучел в год.

Сотрудниками этой мастерской были препараторы — Сергей Михайлович Каранчаев (1938–1940), Николай Иванович Орлов (1940–1941). В послевоенные годы в таксидермической мастерской отдела природы работали Михаил Михайлович Зорин (1948–1970), Николай Николаевич Кочин (1960–1962). Заметный след в развитии и становлении Вологодской таксидермии оставил Михаил Михайлович Зорин. Таксидермические скульптуры этого талантливого мастера и по сей день соседствуют в экспозиции отдела природы с прекрасными чучелами птиц Н.В. Никифорова (1980–1998 года) и высокохудожественными работами О.К. Линдблада (1983–1989).

Помимо пополнения зоологической коллекции Вологодского музея, таксидермистами были изготовлены чучела для музеев области: Велико-Устюгского, Устюженского, Вытегорского, Сямженского, Кирилловского, Нюксенского, музея леса города Вологда и других. В настоящее время в таксидермической мастерской музея работает один таксидермист Сергей Владимирович Шварков, музейная коллекция пополняется десятком таксидермических скульптур в год.


Фотолаборатория
Невозможно представить деятельность музея без работы фотографа, которая сопровождает каждый музейный предмет и мероприятие: сначала документальная съемка в экспедиции, процесс изучения и подготовки к экспонированию, затем любопытные кадры запечатленных экспозиций и мероприятий и, наконец, высококачественная и художественная съемка для публикации в различных изданиях... Фотографами-любителями были многие сотрудники музеев: С.А. Непеин во времена Древлехранилища, И.В. Федышин в 1920-30 годах и другие музейные сотрудники, внесшие свой вклад в коллекцию фотоматериала Вологодского музея — заповедника.

Первым штатным фотографом музея был Ерофей Александрович Тихомиров. Его фотографии 1946 – 1960-х годов отражают самые разнообразные аспекты жизни советского общества, иллюстрируют историю промышленных предприятий, повседневную и праздничную жизнь города, природу и памятники архитектуры Вологодского края, фенологические явления и деятельность самого музея. Значителен творческий вклад фотографа Владимира Константиновича Тарасовского, проработавшего в Вологодском музее с 1977 по 1997 год, члена Союза фотохудожников, дипломанта фотоконкурсов общества охраны природы, известного как непревзойденный мастер большеформатной фотографии. Его работы стали важной составляющей частью многих выставок и экспозиций Вологодского краеведческого, а позднее Вологодского музея-заповедника («Вологодская писательская организация», «Русские изразцы», «Вологодский костюм», «Н.М. Рубцов») и музеев области. Участник многих выставок, в том числе персональных, проходивших в Вологде, Москве, Мишкольце (Венгрия). В.К. Тарасовский участвовал во многих экспедициях музея, вел текущую хроникальную съемку, его снимки использованы при издании множества буклетов, каталогов, альманахов, книг, афиш, выпущенных не только в России, но и в Венгрии, Финляндии, Голландии. В настоящее время в фотолаборатории ВГМЗ работает А.В. Тарасовский.