
В 1896 году в Вологде было создано епархиальное Древнехранилище, в котором содержались предметы старины, в основном культового происхождения, и документы Вологодской епархии.
В 1911 году Северным кружком изящных искусств в городе была создана картинная галерея. Тогда же по инициативе Вологодского общества изучения Северного края был открыт Музей родиноведения.
13 марта 1923 года решением Вологодского губисполкома все музеи города были объединены в один музей, который стал называться «Вологодский Государственный Объединённый музей».
На базе Вологодского областного краеведческого музея постановлением Совета Министров РСФСР 29.06.88 г. №247 был учреждён Вологодский Государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник.
В настоящее время Вологодский музей-заповедник состоит из комплекса памятников Вологодского кремля, а также 8 филиалов:
1. Дом-музей Петра I.
2. Выставочный комплекс «Вологда на рубеже XIX–XX веков»
3. Музей «Мир забытых вещей»
4. Дом-музей А.Ф. Можайского
5. Архитектурно-этнографический музей Вологодской области («Семёнково»)
6. Музей «Литература. Искусство. Век ХХ»
7. Вологодская политическая ссылка
8. Музей кружева